Kek bắt đầu sự nghiệp bóng đá của mình ở đội bóng quê hương Maribor năm 1979,[1] sau đó ông di chuyển sang Áo thi đấu cho câu lạc bộ Spittal/Drau năm 1985 và thi đấu tại đây suốt 3 mùa bóng. Kek cũng từng chuyển sang chơi bóng cho đội bóng khác tại Áo là GAK suốt 7 năm. Sau đó ông quay trở lại quê hương đầu quân cho Maribor từ năm 1995 đến 1999 trước khi giải nghệ chuyển sang công tác huấn luyện. Trong suốt sự nghiệp cầu thủ của mình, Kek chủ yếu thi đấu ở tuyến phòng ngự.